昆虫学报 ›› 2021, Vol. 64 ›› Issue (3): 363-373.doi: 10.16380/j.kcxb.2021.03.008
杜宇1,#, 蒋海宾1,#, 王杰1, 范小雪1, 王秀娜3,4, 冯睿蓉1, 张文德1, 隆琦1, 熊翠玲1, 郑燕珍1,2, 陈大福1,2, 郭睿1,2,*
DU Yu1,#, JIANG Hai-Bin1,#, WANG Jie1, FAN Xiao-Xue1, WANG Xiu-Na3,4, FENG Rui-Rong1, ZHANG Wen-De1, LONG Qi1, XIONG Cui-Ling1, ZHENG Yan-Zhen1, CHEN Da-Fu1,2, GUO Rui1,2,*
摘要:
【目的】本研究旨在探究蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis(简称“球囊菌”)菌丝(Aam)和孢子(Aas)中的全长转录本与菌丝生长、孢子萌发以及有性生殖的相关性。【方法】将前期获得的Aam 和Aas 的Nanopore长读段测序数据中的有效读段与球囊菌参考基因组注释的已知转录本进行序列比对,获取全长转录本与已知转录本的对应信息。利用生物信息学方法对Aam和Aas的全长转录本进行差异表达、功能注释以及结构特征分析。【结果】Aam和Aas共有的全长转录本数量为19 966条,特有的全长转录本数量分别为1 273和2 856条。Aas vs Aam比较组含有3 230条差异表达转录本(differentially expressedtranscripts, DETs),包含3 072条上调和158条下调。GO功能注释结果显示,这些DETs涉及代谢进程、细胞、催化活性等GO条目。KEGG注释结果显示,这些DETs注释到内吞作用、MAPK信号通路、糖酵解/糖异生、碳代谢以及氨基酸的生物合成等相关通路。进一步分析发现,部分全长转录本的剪接异构体在Aam和Aas中具有不同的表达量和结构。【结论】本研究发现球囊菌在菌丝和孢子两个不同阶段伴随着转录本表达量和结构的变化,研究结果为深入探究不同剪接异构体在球囊菌的菌丝生长、孢子萌发和有性生殖中的分子功能提供了理论依据和数据基础。