【目的】解析东方蜜蜂Apis cerana DNA甲基转移酶3(DNA methyltransferase 3, DNMT3) AcDNMT3的分子特征、系统进化及基因表达谱,为深入开展AcDNMT3的功能研究提供参考和基础。【方法】利用相关生物信息学软件预测和分析东方蜜蜂AcDNMT3的理化性质、分子特征、结构域、保守基序和系统进化。采用RT-qPCR检测AcDNMT3在东方蜜蜂工蜂不同发育阶段(卵、3日龄幼虫、1日龄预蛹、2日龄预蛹、4日龄蛹以及1, 2, 6, 12, 15和18日龄成虫)和工蜂成虫组织(触角、咽下腺、脑、表皮、中肠、脂肪体和毒腺)及蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis接种东方蜜蜂3日龄工蜂幼虫后4-6日龄幼虫肠道和东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae接种东方蜜蜂1日龄工蜂成虫后2-5日龄成虫中肠中的相对表达量。【结果】AcDNMT3含758个氨基酸,分子量约为88.24 kD,分子式为C3945H6182N1076O1134S44,理论等电点为8.32,平均亲水指数为-0.454。AcDNMT3与腺苷同型半胱氨酸酶(A0A2A3ECJ8)等10个蛋白具有潜在的互作关系。东方蜜蜂、西方蜜蜂Ap. mellifera、大蜜蜂Ap. dorsata、黑大蜜蜂Ap. laboriosa、欧洲熊蜂Bombus terrestris、巴西无刺蜂Frieseomelitta varia、果树壁蜂Osmia lignaria、大分舌蜂Colletes gigas、行军蚁Eciton burchellii、黄褐尼氏蚁Nylanderia fulva、阿根廷蚁Linepithema humile、红火蚁Solenopsis invicta、小黄家蚁Monomorium pharaonis和埃氏扁胸切叶蚁Vollenhovia emeryi的DNMT3含有4个相同的结构域(PWWP_DNMT3, ADDz_Dnmt3, Dcm domain和PWWP domain)及5个相同的保守基序(Motif1, Motif2, Motif3, Motif4和Motif5)。AcDNMT3与西方蜜蜂的DNMT3在进化树上聚为一支。AcDNMT3在东方蜜蜂工蜂卵、幼虫、预蛹和蛹中差异表达,在2日龄预蛹中的表达量最高且显著高于卵、3日龄幼虫、1日龄预蛹和4日龄蛹中的表达量。AcDNMT3在东方蜜蜂1, 2, 6, 12, 15和18日龄工蜂成虫体内差异表达,在1日龄成虫体内的表达量最高且显著高于2, 6, 12, 15和18日龄成虫体内的表达量。AcDNMT3在东方蜜蜂工蜂成虫触角、毒腺、脑、中肠、脂肪体、表皮和咽下腺中差异表达,在触角中的表达量最高,而在中肠中的表达量最低。蜜蜂球囊菌接种东方蜜蜂3日龄工蜂幼虫后4日龄工蜂幼虫肠道中AcDNMT3的表达量比对照显著下调。东方蜜蜂微孢子虫接种东方蜜蜂1日龄工蜂成虫后2, 4和5日龄工蜂成虫中肠中AcDNMT3的表达量比对照显著上调,而3日龄工蜂成虫中肠中AcDNMT3的表达量比对照极显著下调。【结论】AcDNMT3可能是亲水性蛋白、胞内蛋白和非跨膜蛋白;DNMT3在东方蜜蜂和上述其他昆虫中高度保守;东方蜜蜂与西方蜜蜂的DNMT3同源性最高;AcDNMT3潜在参与东方蜜蜂工蜂发育、幼虫应答蜜蜂球囊菌侵染和成虫应答东方蜜蜂微孢子虫侵染。