昆虫学报 ›› 2017, Vol. 60 ›› Issue (1): 34-44.doi: 10.16380/j.kcxb.2017.01.005
张曌楠1，#， 熊翠玲1，#， 徐细建1， 黄枳腱1， 郑燕珍1， 骆群2， 刘敏1， 李汶东1， 童新宇1， 张琦1， 梁勤1， 郭睿1，*， 陈大福1，*
ZHANG Zhao-Nan1，#， XIONG Cui-Ling1，#， XU Xi-Jian1， HUANG Zhi-Jian1， ZHENG Yan-Zhen1， LUO Qun2， LIU Min1， LI Wen-Dong1， TONG Xin-Yu1， ZHANG Qi1， LIANG Qin1， GUO Rui1，*， CHEN Da-Fu1，*
摘要： 【目的】通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序，de novo组装球囊菌的参考转录组，并对其进行功能与代谢通路注释，进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记。【方法】首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子，配制含1×107孢子/mL的饲料饲喂4，5和6日龄的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫和中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫，通过Illumina HiSeqTM 2500平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序，原始数据过滤后通过Trinity软件组装得到unigenes，进而通过BLASTX比对NCBI Nr， Swiss-Prot， KOG和KEGG数据库对unigenes进行功能与代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索，并利用Primer Premier 5软件设计SSR特异性引物，通过PCR对不同来源的球囊菌SSR位点进行扩增。【结果】本研究共获得146 135 308条高质量reads，de novo组装得到42 609个unigenes。BLASTX比对结果显示，29 316个unigenes在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释。注释到法夫酵母Xanthophyllomyces dendrorhous上的unigenes最多，达6 050个。KEGG注释结果显示，unigenes可注释到117个代谢通路，其中富集在核糖体（ribosome）上的unigenes数量最多（529）。所有unigenes中共预测到7 968个SSRs，通过PCR开发出5个球囊菌SSR分子标记。【结论】本研究成功组装球囊菌的参考转录组，并进行了功能与代谢通路注释，可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息。基于该转录组信息开发的5个SSR分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究。
