昆虫学报 ›› 2022, Vol. 65 ›› Issue (6): 708-717.doi: 10.16380/j.kcxb.2022.06.006
张文德1,#, 赵浩东1,#, 孙明会1, 余岢骏1, 郭意龙1, 朱乐冉1, 胡颖1, 赵萧1, 叶亚萍1, 陈大福1,2,*, 郭睿1,2,*
ZHANG Wen-De1,#, ZHAO Hao-Dong1,#, SUN Ming-Hui1, YU Ke-Jun1, GUO Yi-Long1, ZHU Le-Ran1, HU Ying1, ZHAO Xiao1, YE Ya-Ping1, CHEN Da-Fu1,2,*, GUO Rui1,2,*
摘要: 【目的】丰富东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的微小RNA(microRNA, miRNA)信息,并为深入探究miRNA在病原孢子和病原侵染中的功能提供理论和实验依据。【方法】基于已获得的small RNA-seq数据,利用生物信息学软件对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子中的miRNA进行鉴定和分析。采用茎环反转录PCR(stem-loop RT-PCR)检测已鉴定的miRNA的表达;通过分子克隆与Sanger测序验证miRNA的序列。使用TargetFinder软件预测这些miRNA的靶基因,并对靶基因进行数据库注释。根据miRNA与靶基因的靶向结合关系构建调控网络,再利用Cytoscape软件进行可视化。【结果】在东方蜜蜂微孢子虫孢子中共鉴定到10个miRNA;这些miRNA的长度分布介于21~25 nt,首位碱基表现出U偏向性,每一位碱基的偏向性差异明显。Stem-loop RT-PCR检测结果表明这10个miRNA均真实表达;Sanger测序结果证实了随机选取的其中2个miRNA的序列真实性。共预测出249个靶基因,其中分别有249, 118, 136和3个靶基因可注释到Nr, Swiss-Prot, KOG和eggNOG数据库。此外,分别有134和71个靶基因可分别注释到GO数据库的30个功能条目和KEGG数据库的54条通路。【结论】本研究揭示了东方蜜蜂微孢子虫孢子中miRNA的存在和表达;这些miRNA通过调控潜在靶基因的表达参与孢子的生命活动。