昆虫学报 ›› 2023, Vol. 66 ›› Issue (1): 11-18.doi: 10.16380/j.kcxb.2023.01.002
蔡宗兵1,#, 王紫馨1,#, 吴鹰1, 王思懿1, 钱加珺1, 胡颖1, 张凯遥1, 顾小雨1, 徐细建3, 骆群3, 陈大福1,2,*, 郭睿1,2,*
CAI Zong-Bing1,#, WANG Zi-Xin1,#, WU Ying1, WANG Si-Yi1, QIAN Jia-Jun1, HU Ying1, ZHANG Kai-Yao1, GU Xiao-Yu1, XU Xi-Jian3, LUO Qun3, CHEN Da-Fu1,2,*, GUO Rui1,2,*
摘要: 【目的】利用纳米孔(nanopore)测序技术鉴定中华蜜蜂Apis cerana cerana工蜂幼虫肠道中细胞色素P450(cytochrome P450, CYP450)基因及其全长转录本,为后续功能研究提供参考信息和基础。【方法】通过Nanopore PromethION平台对中华蜜蜂工蜂4-6日龄幼虫肠道进行转录组测序。利用Guppy软件对原始读段(raw reads)进行质控以得到有效读段(clean reads)。通过识别两端引物鉴定全长转录本序列。使用BLAST工具将上述全长转录本的序列比对到Nr和GO数据库以鉴定CYP450基因及其全长转录本。采用Astalavista软件鉴定基因的可变剪接(alternative splicing, AS)事件。通过RTPCR验证不同类型AS事件的可靠性。【结果】在中华蜜蜂工蜂4-6日龄幼虫肠道中分别测得7 338 627, 7 003 419和7 434 233条原始读段,经质控得到的有效读段数分别为7 289 494, 6 959 880和7 387 756条。鉴定到的非冗余全长转录本总数为48 200条。共鉴定到47个CYP450基因和265条CYP450基因全长转录本。共鉴定到CYP450基因的90次AS事件,包括36次外显子跳跃事件、20次可变5′端剪接位点事件、17次内含子保留事件、9次可变3′端剪接位点事件及8次外显子互斥事件。RTPCR结果证实随机选取的3种AS事件类型真实可靠。【结论】鉴定了中华蜜蜂的CYP450基因及其全长转录本,补充了东方蜜蜂参考基因组的相关注释,并揭示中华蜜蜂CYP450基因可通过多种AS类型产生丰富的剪接体。