昆虫学报 ›› 2022, Vol. 65 ›› Issue (1): 31-43.doi: 10.16380/j.kcxb.2022.01.004
李敏1, 张丹丽1, 李荣荣1, 雷廷1, 宋鲜梅1, 卜文俊2,*
LI Min1, ZHANG Dan-Li1, LI Rong-Rong1, LEI Ting1, SONG Xian-Mei1, BU Wen-Jun2,*
摘要:
【目的】中华大仰蝽Notonecta chinensis为中国和日本冲绳分布的重要水生天敌昆虫,可用于蚊虫的生物防治。本研究旨在建立中华大仰蝽转录组数据库,挖掘其基因信息。【方法】采用高通量测序平台Illumina NextSeq500对中华大仰蝽进行转录组测序、de novo组装及生物信息学分析;利用MISA软件基于转录组unigenes数据进行SSR新分子标记筛选。毛细管电泳检测SSR多态性。【结果】总计获得34 782 282条clean reads(NCBI SRA数据库登录号: SRR13259254),组装成37 801条unigenes,N50为913 bp。将unigenes与已知数据库比对进行基因功能注释,分别有36 474, 32 470, 27 781, 35 079和5 638条序列注释到nr, Swiss-Prot, GO, eggNOG和KEGG数据库。通过GO数据库注释,unigenes的功能可分为生物学过程、细胞组分和分子功能三大类,其中参与细胞、细胞部分及结合功能的unigenes比例较大。eggNOG数据库注释结果显示,37 801条unigenes归到25个基因家族,注释到未知功能的最多。KEGG代谢通路富集分析显示,5 638条unigenes注释到245个代谢通路,注释到核糖体的数目最多。此外,用MISA软件在转录组测序数据中的37 801条unigenes中搜索到3 124个SSR位点(占总unigenes的8.26%),发生频率为707%。通过PCR筛选出16个SSR位点。7个中华大仰蝽地理种群3个位点NcCF/NcCR, NcKF/NcKR和NcLF/NcLR的多态信息含量(PIC)分别为0.870, 0.902和0.857,具高度多态性。【结论】本研究成功获得了中华大仰蝽转录组数据,为其基因功能分析提供了分子理论基础;SSR新标记的开发为中华大仰蝽遗传多样性分析、隐存种鉴定及基因图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。